سازمان مدارس صدرا از سال ۱۳۸۱ در راستای تربیت دانش‌آموزان نخبه و مهذب زیر نظر سازمان تبلیغات اسلامی فعالیت خود را آغاز کرد و تاکنون در ۲۰۰ شعبه در ۳۱ استان کشور بیش از ۱۴ هزار دانش آموز دختر و پسر در حال تحصیل و بیش از ۱۵ هزار دانش‌آموخته و ۳ هزار و ۸۰۰ کادر و معلم دارد. این سازمان بیشترین مدارس علوم و معارف اسلامی در کشور را داراست و در دوره دوم متوسطه تنها رشته علوم و معارف اسلامی متشکل از دروس اخلاق، تاریخ، عقاید، عربی، احکام و علوم قرآنی تخصصی را دارد. از جمله ویژگی‌های ممتاز این مدارس، فضای اخلاقی و دینی حاکم بر آنها، فراگیری دروس تخصصی معارف اسلامی و آماده شدن دانش‌آموزان برای ورود به حوزه و دانشگاه اعم از دانشگاه فرهنگیان، افسری، امام صادق(ع) و دانشگاه رضوی است و برنامه‌هایی همچون «مدیران جوان، ویژه دانش‌آموزان نخبه رشته علوم و معارف»، «خاص؛ خانه امید صدرا، ویژه فارغ التحصیلان»، و اردوی «روشنا در جهت آشنایی با حوزه های علمیه و جشنواره‌های هنری» و اردوهای تربیتی از جمله فعالیت‌های ملی سازمان مدارس صدرا است.